PhpStorm et IntelliJ proposent d'ajouter un fichier au versionnement (ex: git add), mais ne permettent pas de le retirer.
Une solution de contournement simple consiste à le faire en ligne de commande :
git rm --cached mon_fichier
git commit -m 'suppression du fichier'
pour un répertoire entier, ajoutez l'option -r
écursive :
git rm -r --cached mon_repertoire
git commit -m 'suppression du répertoire'